Segons l'arxiu de la Corona d'Aragó, la paraula o cognom de Fontcoberta es deriva de les paraules Font i Coberta. Per què el nostre poble porta aquest nom? Semblaria el més lògic que aquest nom procedís de la font principal d'aquest poble (Can Pujol), que està coberta i canalitzada amb una mina subterrània que brolla a l'interior de Can Pujol, una notable masia de Fontcoberta. Tanmateix, una altre possibilitat és que el nom derivés de la família dels senyors que porten aquest cognom "Fontcoberta" (existeix el títol de "Marquès de Fontcoberta" atorgat per primera vegada a les corts de Saragossa, a l'any 1339) diu que aquest noble llinatge va tenir la seva casa pairal a Vilamalla, del partit judicial de Figueres des d'on va passar una branca al lloc de Fontcoberta , al qual varen donar el nom. L'historiador i cronista oficial de Girona, Dr. Jaume Marquès i Casanovas, difereix d'aquesta darrera opinió i al·lega que els cognoms són posteriors al topònim, i que molts dels quals deriven dels ja existents.